Celní prohlídka bývá zpravidla důkladná, ale korektní.
Je přísně zakázáno dovážet a vyvážet zejména drogy, jiné omamné látky a pornografické výrobky. Porušení těchto předpisů má za následek tvrdé postihy, včetně nejvyššího trestu. Imigrační karta, kterou vyplňujete při vstupu, vás upozorní na trest smrti za převážení drog. Na skutečnost, že obviněný je cizinec, se v Malajsii nebere při stanovení trestu za pašování drog zřetel. Malajsie rovněž nerozlišuje mezi měkkými a tvrdými drogami. Výše trestu je závislá pouze na množství zadržené použitelné omamné látky.

Vzhledem ke skutečnosti, že islám je státním náboženstvím v zemi, je přísně zakázáno dovážet a vyvážet následující komodity:
- drogy a jiné omamné látky,
- pornografické materiály,
- symboly s židovskou tématikou a výrobky z Izraele,
- předměty nesoucí potisk nebo reprodukci Koránu,
- sečné zbraně,
- rozhlasové přijímače pracující v zakázaných MHz pásmech,
- všechna vývojová stádia ryb Piranna,
- veškeré zboží podobající se injekčním stříkačkám,
- živé či mrtvé korály s výjimkou klenotnického zpracování tohoto materiálu,
- želví vejce.

Zboží pro osobní potřebu s výjimkou alkoholických nápojů lze dovézt bezcelně. Dovoz alkoholických nápojů je zcela vyloučen.

Při vstupu do Malajsie cestovatel prokazuje na předtištěném formuláři finanční způsobilost. Je povoleno dovážet nebo vyvážet pouze 1000,- MYR na osobu, dovoz zahraniční měny představuje 10 000,- MYR ve volně směnitelné měně.

Z Malajsie je zakázáno vyvážet cokoliv do Izraele.